检查机关根据《刑事诉讼法》第十六条的规定，决定不起诉的，如被告人原系国家职工，其薪资问题可按下列原则处置：

1.被告人未遭到劳动教养或治安处罚、原所在单位也未给予行政纪律处分的，由原所在单位补发其羁押期间的全部薪资；

2.被告人未遭到劳动教养或治安处罚，原所在单位给予行政纪律处分的，其羁押期间的薪资由原所在单位酌情决定减发或不发；

3.被告人遭到劳动教养或治安处罚的，其羁押期间的薪资不予补发。

检察机关决定免予起诉，是指被告人的行为已构成犯罪，但情节轻微，根据刑法的有关规定，无需判处刑罚或免除刑罚的。因此，被告人假如原系国家职工的，其羁押期间的薪资不应补发。

[参见上海人民检察院等四部门关于实行最高人民检察院、公安部、劳动人事部《关于检察机关决定不起诉、免予起诉的原国家职工的被告人羁押期间薪资是不是补发的问题的回话》的公告]